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La historia de Sonoyta y su valle agrícola, está ligada a la historia de la tribu pápaga, fundada a partir de 1694 por los Misioneros Jesuitas, como una comunidad misional, a la que llamaron San Marcelo de Sonoydag, retomando el nombre del vocablo Son Oydag, de la lengua Pápaga, que significa tronco donde brotan las aguas.
La región tiene antecedentes desde la época pre histórica, encontrándose rastros de culturas de esa época, de tribus conocidas como Amargozanos, que fueron los primeros fundadores de la región que incluye a lo que hoy se conoce como California, Sonora y Arizona.
El Misionero Jesuita Francisco Eusebio Kino, se dió a la tarea de evangelizar a la tribu habitante de esta región, descubriendo en sus expediciones la península de Baja California, en uno de sus viajes a la región volcánica de El Pinacate, reconociéndola como una ruta más segura hacia California.

En esta época, se desarrollaron los primeros ensayos de la actividad agropecuaria, al manifestarse un auge cultural en los habitantes Pápagos, los cuales se rebelaron a la Colonización, dando muerte a los misioneros encargados de la localidad, recordándose los nombres de los Padres Tomás Tello, y Enrique Ruhén. Durante 1850, ya convertida en territorio fronterizo, se cuenta la historia de la visita de Henry A. Crabb, el filibustero que trató de invadir la región de Caborca, quién desde Sonoyta envió una carta alp refecto de Caborca José María Redondo solicitando su rendición, convirtiéndose este hecho histórico en el primer antecedente de esa gesta heroica de la defensa de Caborca. Sonoyta fue considerada como municipio durante el siglo XIX, dependiente del Distrito de Altar, llegando a esta zona pobladores afectados por las políticas colonizadoras en la franja fronteriza, siendo posteriormente repatriados en el Gobierno de Plutarco Elías Calles.
Años después se convirtió en Comisaría de Caborca conservando esta categoría hasta el 9 de julio de 1952, asimismo, fue Comisaría de Puerto Peñasco al constituirse este nuevo municipio.
En 1928, se formó un comité para realizar los trabajos de la carretera a san Luis Río Colorado, integrándose al comité pro carretera Santa Ana – Mexicali. , la cual quedó concluida en 1959. En estas fechas, los puntos intermedios de Caborca, Altar, Pitiquito, San Luis, Sonoyta, y Puerto Peñasco, eran solo una referencia geográfica.
El Municipio General Plutarco Elías Calles, fue creado en Agosto de 1989, a raíz de la separación territorial de la entonces Comisaría de Sonoyta y su valle agrícola, del municipio de Puerto Peñasco, Sonora. Luego de analizar las condiciones sociales que prevalecieron en aquél entonces, el Congreso del Estado aprobó la creación del nuevo municipio, siendo en ese entonces el número 70 del estado, según decreto publicado en el Boletín Oficial del Gobierno del Estado, el 9
de Agosto de 1989.
Se integró un consejo ciudadano para que administrara los destinos municipales hasta que se realizara el siguiente proceso electoral, siendo hasta el mes de septiembre de 1991, cuando se estableció el primer ayuntamiento oficial, siendo el primer presidente municipal, el Doctor Rafael Cota Amao (QEPD).
En ese período, se estableció también el primer proceso de planeación para ordenar los esfuerzos del desarrollo municipal, simbolizando un gran interés de todos los sectores y habitantes de la comunidad por participar en el diseño de las directrices del gobierno municipal en busca de más beneficios para todos.
Desde entonces, los esfuerzos del desarrollo municipal han sido encabezados por cuatro ayuntamientos elegidos democráticamente, correspondiendo al actual, el quinto ayuntamiento, organizar a todos los sectores de la comunidad para integrar las políticas de desarrollo plasmadas en el presente plan.
En la actualidad, Sonoyta es una comunidad con un gran potencial para su desarrollo económico, político y social.
Sus valores culturales, estrechamente ligados a las tradiciones de la cultura pápaga, han establecido como fiestas tradicionales las denominadas Fiestas de las Flores, del 1 al 5 de mayo de cada año, las Fiestas de San Francisco, del 3 al 5 de octubre, y las fiestas patrias, que se celebran los días 15 y 16 de septiembre.
El baile de Vi – Kita, en la comunidad de Quitovac, conocido como la Danza de Cu– Cu o danza de la lluvia, es una tradición Pápaga que se celebra en ese lugar, durante la noche de luna llena del mes de julio, y a la que acuden todas las comunidades indígenas de la región, incluso de Arizona y California.